El Ministerio de Economía, Fomento y Reconstrucción se rige por el decreto Nº 747, del 3 de julio de 1953. Sin embargo, sus orígenes se remontan al 22 de agosto de 1930, fecha en que se instituye la Subsecretaría de Comercio, dependiente del entonces Ministerio de Relaciones Exteriores y Comercio.

Su rango ministerial deviene de un decreto supremo del 6 de octubre de 1941 que creó el Ministerio de Comercio y Abastecimiento, cuya existencia legal quedó ratificada en julio de 1942, dándosele el nombre de Ministerio de Economía y Comercio. Esta situación se debió al contexto de emergencia y riesgo de desabastecimiento provocado por la Segunda Guerra Mundial.

De ese entonces data la Superintendencia de Abastecimiento y Precios, sucesora del Comisariato General de Subsistencias y Precios, que en la década de los 60 fue reemplazada por la Dirección de Industria y Comercio (Dirinco, hoy Sernac).

Los temas de industria y transportes pasaron a incorporarse a esta cartera en junio de 1953 con la nueva denominación de Ministerio de Economía. Este ente fijaba los tipos de cambio, tenía tuición sobre los cónsules e incidía en la política aduanera y tributaria. Contaba con dos subsecretarías: la de Industria y Comercio y la de Transportes.

El actual nombre de Ministerio de Economía, Fomento y Reconstrucción data de octubre de 1960 como consecuencia del terremoto de ese año que motiva a asignarle tareas especiales en la coordinación de planes e inversión fiscal y pública, con fines de reconstrucción y fomento productivo.

En 1976, el Ministerio de Economía acoge nuevas tareas, con la creación de la Subsecretaría de Pesca- derivada del Ministerio de Agricultura-.

De esa misma forma, algunas de sus funciones relacionadas con el movimiento de divisas, comercio exterior, política tributaria y aduanera, aprovisionamiento estatal y presupuestos de inversión pasan, durante la década de los 80, a ser dirigidas por el Ministerio de Hacienda.

Con el retorno a la democracia, el Ministerio de Economía ha desempeñado un activo rol en impulsar importantes reformas que apuntan a elevar la competitividad global de la economía y a perfeccionar el funcionamiento de los mercados, como la Ley General de Pesca, la de Propiedad Industrial, la de Certificación de Calidad de Exportaciones o la Ley de Derechos del Consumidor.